A causa della sua evoluzione, avulsa dal resto del continente, la fauna del Madagascar è estremamanete diversa dalla fauna del resto dell’Africa e da quella delle altre isole limitrofe dell’Oceano Indiano. Sulla Grande Terre così come a Nosy Be si incontrano endemismi estremamente numerosi, tra i quali spiccano quelli di lemuri, rane, camaleonti, tartarughe, ma anche di uccelli e farfalle.
I lemuri vivono in natura solo nel Madagascar e in alcune piccole isole circostanti, incluse le Comore: questo perché qui non subirono alcun tipo di competizione e furono quindi in grado di differenziarsi in molte specie. Il termine “lemure” deriva dalla parola latina lemures, che sta ad indicare gli spiriti della notte della mitologia romana: chiaro il riferimento al fatto che la maggior parte dei lemuri possiede grandi occhi dall’aspetto spiritato, ben adatti alla vita notturna che la maggior parte delle specie conduce. Tutti i lemuri hanno il pollice opponibile per una migliore presa sugli alberi.
I suoi grandi occhi possiedono un tapetum lucidum, uno strato riflettente per la visione notturna. A differenza della maggior parte dei primati, i lemuri hanno società organizzate sul modello matriarcale. L’unica specie originaria di Nosy Be è il lemure macaco, che popola anche molte delle isole dell’arcipelago, come Nosy Komba e Nosy Mamoko. Altre specie di lemuri, come il Catta o il Sifaka di Verrault, possono essere incontrati nel parco di Lemuria Land o sull’isola di Nosy Antsoha.
Il Madagascar ospita circa la metà delle circa 150 specie di camaleonti del mondo. Sono rettili di piccola o media taglia, famosi per la loro abilità nel cambiare colore in maniera spettacolare. Contrariamente a quanto si crede, il camaleonte non cambia colore per adattarsi all’ambiente che lo circonda, bensì per esprimere emozioni, difendere il territorio e comunicare con i compagni. I camaleonti cambiano colore grazie a due strati di cellule specializzate situate proprio sotto la pelle trasparente più esterna. I camaleonti difendono il proprio territorio e sono aggressivi nei confronti di altri membri della stessa specie.
In alcune zone del Madagascar i camaleonti sono temuti per i loro supposti poteri magici e per l’abilità di predire il futuro. I camaleonti del genere Brookesia sono tra i più piccoli rettili del mondo. La specie Brookesia Minima raggiunge una lunghezza massima di poco più di 30 mm. e può essere incontrato dal visitatore più attento nella Riserva Naturale Integrale di Lokobe. Queste minuscole creature vivono in genere nel fogliame delle foreste pluviali e delle foreste secche decidue di gran parte del Madagascar, ma non è raro, durante un viaggio in auto per le strade di Nosy Be, doversi fermare per permettere l’attraversamento di un camaleonte!
In Madagascar si contano una decina di specie fra tartarughe di terra, d’acqua dolce e marine. Alcune di esse sono in pericolo, una delle tartarughe più rare al mondo, la Angonoka (Astrochelys yniphora), è una testuggine endemica del Madagascar ed è a rischio estinzione, contando circa 600 esemplari in continuo calo. Le tartarughe che si trovano a Nosy Be sono le tartarughe giganti delle Seychelles (Aldabrachelys gigantea) e si possono vedere nel parco di Lemuria Land o nella spiaggia di Andilana.